W trakcie prowadzonych postępowań podatkowych niejednokrotnie zdarzają się sytuacje, podczas których organy korzystają z akt zgromadzonych w sprawach karnych i powołują się np. na protokoły przesłuchań zgromadzone w postępowaniach w sprawach o przestępstwa skarbowe lub wykroczenia skarbowe. Wyciąganie negatywnych skutków w stosunku do podatnika, opierając się na materiałach ze sprawy karnej wymaga jednak daleko idącej ostrożności i w wielu przypadkach będzie całkowicie nieuzasadnione.
Ordynacja podatkowa nie nakłada co prawda na organy obowiązku bezpośredniego przeprowadzania dowodów, jednak wymaga od nich dokonania oceny – również w odniesieniu do materiału zgromadzonego w postępowaniu karnym. Jest to istotne o tyle, że osoby przesłuchiwane w postępowaniu karnym mogą być przesłuchiwane w charakterze podejrzanych. Ich prawa oraz obowiązki są więc inne aniżeli prawa i obowiązki świadków w postępowaniu karnym. Nie ponoszą oni bowiem odpowiedzialności za składanie fałszywych zeznań, co jest swego rodzaju uprawnieniem podejrzanego do obrony.
Stąd to wyłączenie odpowiedzialności karnej nakazuje zachowanie wyjątkowej ostrożności podczas oceny, w postępowaniu podatkowym, wyjaśnień pochodzących z postępowania karnego. Potwierdza to również orzecznictwo sądowe, zgodnie z którym „materiały z zeznań z uwagi na cechy postępowania karnego winny być oceniane ze szczególną wnikliwością i aby były materiałem w pełni wiarygodnym w tym postępowaniu, osoby te winny wystąpić jako świadkowie, których uprzedza się o odpowiedzialności karnej za fałszywe zeznania” (np. wyrok WSA w Warszawie z 19 stycznia 2012 r., sygn. akt III SA/Wa 3034/11).
Przed powołaniem się na zgromadzony w postępowaniu karnym materiał, organy powinny zatem dokonać jego oceny. Niejednokrotnie bowiem może się zdarzyć, że część wyjaśnień będzie niezgodna ze stanem faktycznym, stanowiąc swojego rodzaju strategię obrony osoby przesłuchiwanej w postepowaniu karnym. Wyciąganie negatywnych konsekwencji w postępowaniu podatkowym, bez uprzedniego zbadania ich prawdziwości niewątpliwie może stanowić poważne uchybienie ze strony organów.